Die Magnetresonanztomographie des Kopfes kommt unter anderem zur Abklärung von Kopfschmerzen und Schwindel unklarer Ursache, bei einem Verdacht auf Tumore oder Metastasen sowie entzündliche Veränderungen im Gehirn, Durchblutungsstörungen, Kleinhirn-, Hypophysen- und Hirnstammerkrankungen zum Einsatz. Parallel kann in der Pädiatrie nach frühkindlichen Störungen und entwicklungsbedingten Fehlbildungen gesucht werden. In der Kernspintomographie sind hochauflösende Abbildungen der Hirnstrukturen und Gefäße möglich.